人理續存保障機構「迦勒底」,對於僅憑魔術無法看見的世界,僅憑科學無法計算的世界進行觀測,確保已被證明會滅亡於2017年的人類史存續下去。人類滅亡的原因,是在歷史上數個地點突然出現的「無法觀測領域」——「特異點」。迦勒底唯一殘存的御主·藤丸立香,與亞從者瑪修·基列萊特一同介入這些特異點的事象,從而執行將其解明或破壞的禁斷儀式——「聖杯探索 Grand Order」。
這一次新發現的是第七個特異點——紀元前2655年的古代美索不達米亞。
由結束了不老不死靈草的探索的「天之楔·賢王吉爾伽美什」所統治,以繁榮而自豪的烏魯克之地,在三柱女神及眾多魔獸的蹂躪下面臨滅亡的危機。以及,通過前往過去的時間旅行——「靈子轉移」而到達烏魯克之地的藤丸與瑪修,所遇到的是阻擋住魔獸猛攻的要塞都市·絕對魔獸戰線,以及人們那即使暴露於威脅之下仍然拚命求生的樣子。
襲來的諸神與魔獸。以及對其反抗的人類——。這裡是人與神分道揚鑣,命運的時代。跨越了六個探索(Order)的兩人——藤丸與瑪修所挑戰的最後一戰開始了。