劇情原設定是前作80年後,但因為後來《MACROSS PLUS》、《MACROSS 7》及《MACROOS F》的推出,本作的故事越來越無法承擔超時空要塞系列編年史的作用,於是本作被稱作平行世界的說法開始流行。
2090年,過去曾拯救地球的宇宙戰艦馬克羅斯如今已成為街道上的紀念碑,體型變得與地球人無異的傑特拉帝人與人類共享如今的繁榮生活。然而,突然入侵太陽系的外星人馬爾杜克與新統合軍之間開始了戰爭,電視台八卦記者神崎響為了捕捉到曾成功利用歌聲使傑特拉帝人陷入混亂的攻擊戰術「明美攻擊」的畫面而駕著民間用瓦爾基里朝戰場前進。但響在這裡見到的卻是在敵人進攻下慘遭一一擊潰的統合軍部隊。響趁亂闖入一艘全毀的敵軍戰艦中,遇見了沉睡的美少女伊絲塔,並從混亂的戰場中成功救出了伊絲塔,將她帶回地球。