西曆1999年,一顆巨大隕石墜落在南太平洋亞塔利亞島。經過調查之後發現,這顆「隕石」原來是一艘擁有超越地球人類科技的巨型宇宙戰艦。明白告訴了地球人類,在地球以外還有其他高智慧的生物存在,而且更有可能是一些比起地球人類身高高五倍,以戰爭為生之巨人。於是各國政府拋開國家之間的利害關係,成立整合世界現有國家的單一人類政府,並開始重建這艘代號為ASS-1(Alien Star Ship-1)的外星太空船。
重建的10年期間,雖然決定組成地球統合宇宙軍,但地球各地亦發生了很多為利害衝突而展開的激烈戰爭。在戰爭期間重建的工作仍然繼續進行,直至戰爭結束,地球恢復平靜,這艘ASS-1終於重建完成,並且改名SDF-1 馬克羅斯。就在紀念馬克羅斯重建完成紀念當天,馬克羅斯突然失控自動發射主炮……
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