王冠市是個水與綠茵、古街道與近代建築完美調合的城市。為了觀看正在這裡舉辦的「神奇寶貝足籃世界盃」,小智一行人向王冠市前進。在旅途中,小智們與正在尋找媽媽的神奇寶貝「索羅亞」相遇,並一起結伴同行。
就在此時,名為「索羅亞克」的神奇寶貝竟然化身成為雷公、炎帝、水君的模樣,在王冠市的街道上大搞破壞。就連相隔了20年再度回到這座城市的雪拉比,也再次面臨了危險。
王冠市到底面臨著什麼樣的危機?幻影的霸者「索羅亞克」的身分究竟是?雪拉比的命運又會如何?小智和皮卡丘是否能夠解救城裡遭遇危險的神奇寶貝們?
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