直枝理樹與其青梅竹馬的朋友棗恭介、棗鈴等人一起過著全寄宿制的高中生活。他們從小就結成了一個與惡勢力作鬥爭，號稱正義的使者的隊伍，名為「LittleBusters」。
升上高中後，某天恭介再提議要組成一個棒球隊伍，隊名沿用「LittleBusters」。於是理樹他們就開始尋找隊員，揮灑著青春的光彩…不久後，理樹和鈴在一隻名為「列儂」的貓身上找到一張紙條，上面寫著：「請找出這個世界的秘密」...
延續第一季的友情，第一季中尚未交代到的世界的秘密即將在《LittleBusters! refrain》揭曉。
