魔王歸來!光和2年,世界以重組成的超合眾國為中心,過著和平的日子,但這份來之不易的和平卻十分短暫。朱雀作為蒙面人Zero,陪同娜娜莉探訪難民時遭遇不知名的敵對人型自在戰鬥裝甲騎襲擊,兩人最後被擄走。而另一方面,奉修奈傑爾密令潛入戰士之國-齊爾茨斯庫蒙王國的卡蓮、羅伊德和咲世子等三人也遭到了使用GEASS的敵人攻擊,此時他們遇見了同樣遭到襲擊的前團主C.C.。
以曾經打敗過神聖不列顛尼亞帝國大軍的無敵王國為舞台,所要描繪出的是希望,還是絕望?熟知GEASS奧秘的齊爾茨斯庫蒙王室,以及C.C.究竟有什麼意圖呢?