本作品為《灰色的樂園》電視動畫的續作。日美聯合反恐組織「防衛省中央調查部諜報2科分室 」(CIRS)在海上油井爆炸事件後因被公之於眾而重組,以培育國防人才為目的開始與全國各地的學校合作,廢校後閒置的「美濱學園」為個人所收購,成為了「特殊技能訓練校」。校園中,因各種理由而失去容身之地的少女被授予武器。以國防的名義,她們被派遣執行一個又一個危險的任務。「我們被賦予在世界上的容身之處。但僅僅那樣是不夠的,躲在別人的背後活著毫無意義。所以依靠自己的力量,為生存而戰鬥。只有倖存者才有活著的資格。」無論遭受何等苦難,卻選擇拿起武器繼續戰鬥的少女,她們的未來是……