在與恩茲華斯家族的激鬥之後，伊莉雅一行終於觸及了「無名的少女」——潘朵拉的真相。
為了給予少女名為死亡的救贖，朱利安試圖開啟潘朵拉之盒（Pithos）。
在永劫般的時光中傷痕累累、只渴望迎來終結的艾莉嘉。
伊莉雅貫徹了「讓大家都能得救」這份理想（任性），並斬斷了那份宿業……本該如此。
然而，完成概念置換的大流士奪走了朱利安的身體，仍然朝著恩茲華斯家族的悲願——「拯救人類」伸出了手。潘朵拉之盒（Pithos）已然開啟，滿溢而出的災厄正試圖吞噬整個世界。
「我終於明白了。我們注定無法互相理解。」
為了斬斷這個逐漸邁向終結的世界的因果，伊莉雅、美遊、克洛伊挺身對峙大流士——。
魔法少女們的最後一戰，就此揭幕。
