日本藥學家藥谷完治因妹妹離世的傷痛，傾注一生在藥物開發的工作，最終過勞而死。轉生到異世界後，意外發現自己變成見習藥師，身上還帶有藥神聖紋，能使用創造及消除物質的神術，以及「診眼」，魔力甚至高於擁有火神聖紋的女皇和大神官，被神殿及知情人士視為藥神的化身。
在一次跟隨首席宮廷兼尊爵的父親前往皇宮後，眼見身患肺結核的女皇差點被父親和眾醫師、藥師安樂死，便自薦自己製作適當的藥物為女皇和受到傳染的父親治療。女皇在康復後，透過首席宮廷醫師及其團隊觀察，確認完治擁有超越時代的知識，並從書僮口中得知他想開設服務平民和貴族的藥局，於是取得其父親的出師同意，並賜予法馬「宮廷藥師」的官職和開設藥局的批准、資金及建設的人手…
