在英雄們的活躍下，世界維持著勢力均衡。
可是在其中一個叫做新世界的地方，突然從天外飛來一顆紅熱的隕石。在隕石墜落處出現了一名自稱“悟空脈衝鋼彈”的失憶少年。因為這件事所引發的混亂逐漸擴展到了其他世界。
在此同時，諸葛亮自由鋼彈透過夜觀星象而察覺災害即將到來。為了從危機中拯救世界，他與盟友劉備獨角獸鋼彈一同展開行動。並且與悟空一同踏上旅程。
悟空脈衝鋼彈在各個世界與英雄們相遇後，他會產生什麼想法呢？這名少年帶來的究竟會是災害抑或和平？由英雄們編織出的全新故事即將展開！！
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